Wyrokiem z dnia 21 grudnia 2011 r. (sygn. II OSK 2405/10) Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną Stowarzyszenia Interwencji Prawnej (dopuszczonego do udziału w postępowaniu jako organizacja społeczna) na odmowę udzielenia zezwolenia na osiedlenie cudzoziemcowi, którego pobyt w Polsce na podstawie zgody na pobyt tolerowany przekształcony został z mocy prawa na ochronę uzupełniającą ustawą z dnia 18 marca 2008 r. o zmianie ustawy o udzielaniu cudzoziemcom ochrony na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej oraz niektórych innych ustaw.
Przyczyną odmowy było – w ocenie organów administracji – nie wypełnienie przesłanki co najmniej 5-letniego pobytu na terytorium RP w związku z udzieloną ochroną uzupełniającą. Stosownie bowiem do art. 64 ust.1 pkt 3 ustawy o cudzoziemcach, zezwolenia na osiedlenie się udziela się cudzoziemcowi, który bezpośrednio przed złożeniem wniosku przebywał nieprzerwanie na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej przez okres nie krótszy niż 10 lat na podstawie zgody na pobyt tolerowany lub przez okres 5 lat w związku z uzyskaniem statusu uchodźcy lub ochrony uzupełniającej.
Stowarzyszenie stało na stanowisku, iż do okresu pobytu na podstawie ochrony uzupełniającej należy w omawianym przypadku doliczyć również okres przebywania w Polce na podstawie zgody na pobyt tolerowany, skoro następnie, w 2008 r. z mocy prawa, pobyt ten przekształcił się w ochronę uzupełniającą. Stowarzyszenie argumentowało, iż domniemanie racjonalności prawodawcy nie pozwala przyjąć, iż z jednej strony – na mocy ustawy o zmianie ustawy o udzielaniu cudzoziemcom ochrony wszystkich cudzoziemców, posiadających zgodę na pobyt tolerowany na obszarze RP, obejmuje się nową, szerszą formą ochrony w postaci (wprowadzanej przepisami tej ustawy) ochrony uzupełniającej, a z drugiej – ogranicza uprawnienia tychże osób, poprzez pominięcie w procesie stosowania art. 64 ust. 1 pkt 3 ustawy o cudzoziemcach – a więc w zakresie spełnienia ustawowych przesłanek do udzielenia zezwolenia na osiedlenie się (ich niejednokrotnie wieloletniego pobytu w Polsce).
Podnosiliśmy również, iż pominięcie okresu przebywania na podstawie zgody na pobyt tolerowany uniemożliwia także zaliczenie do wymaganego okresu czasu prowadzenia postępowania w sprawie nadania statusu uchodźcy, tj. pobytu od złożenia wniosku aż do wydania decyzji, co w każdym innym stanie faktycznym byłoby możliwe na podstawie art. 64 ust 2 ustawy o cudzoziemcach.
Pomimo iż w toku postępowania sądowoadministracyjnego Szef Urzędu ds. Cudzoziemców zmodyfikował swoje wcześniejsze stanowisko i przyjął możliwość sumowania obu okresów, Naczelny Sąd Administracyjny uznał, iż pominięcie przez ustawodawcę w art. 64 ust. 1 pkt 3 ustawy o cudzoziemcach okresów przebywania cudzoziemców w Polsce na podstawie wcześniejszych (wydanych przed dniem 29 maja 2008 r.) decyzji o zgodzie na pobyt tolerowany było działaniem celowym. Wynikało z uznania, że
adresaci dotychczasowych decyzji o udzieleniu zgody na pobyt tolerowany swoje uprawnienia w uzyskaniu zezwolenia na osiedlenie będą mogli wywodzić bezpośrednio ze skutków prawnych przekształcenia tychże decyzji w decyzje o udzieleniu ochrony uzupełniającej. Albowiem dokonana zmiana wprowadziła regulację korzystniejszą z punktu widzenia interesów cudzoziemców, którzy w dotychczasowym stanie prawnym korzystali z ochrony w postaci zgody na pobyt tolerowany, mając na uwadze, że w dacie wejścia w życie nowelizacji okresy nieprzerwanego pobytu cudzoziemców na podstawie zgody na pobyt tolerowany w oparciu o przepisy ustawy z dnia 13 czerwca 2003 r. nie były dłuższe niż pięć lat.